北京中医三院位于北京亚奥核心区域，毗邻奥林匹克公园、鸟巢，元大都城垣遗址公园。医院始建于1964年10月,历经中国人民解放军基建工程兵北京指挥部医院、北京城建医院、北京冶金医院，2006年9月划转到北京中医药大学，成立北京中医药大学第三附属医院。
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北中医三院拥有磁共振成像系统、瑞典医科达Precise直线加速器、德国Siemens数字减影血管成像系统（DSA）、消化内镜诊疗系统等大型进口诊疗设备，为医院的急危重症救治提供了完善的技术保障。